蛋白质结构与密码子上下文关联的信息论研究

从信息学的角度，对人(Homo sapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联、蛋白质序列中氨基酸上下文关联作了统计分析，计算了各二级结构中密码子(氨基酸)上下文关联的信息剩余．结果显示，同义密码子关联有着不同于氨基酸关联偏好的反常现象，人和大肠杆菌蛋白质中反常的密码子分别占19％、16％左右；并对大肠杆菌中的稀有密码子的关联进行了讨论，发现稀有密码子的关联偏好Sheet和Coil二级结构．     

蛋白质规则二级结构中亲疏水氨基酸的次邻关联、次次邻关联

规则二级结构中亲－疏水氨基酸的紧邻关联特性对不同类蛋白质有不同的规律，但在同类蛋白质同类规则二级结构不同长度的片断中有相同的规律，并且亲疏水氨基酸的关联特征是可以定位的，那么次邻关联、次次邻关联是否也有此规律呢？本文对此进行了讨论。     

大肠杆菌同义密码子重复序列中密码子的使用

以大肠杆菌基因组为样本,研究同义密码子重复序列与ORF全序列中各密码子相对使用频率的差异,分析同义密码子重复序列中密码子重复的偏好.结果表明部分密码子的使用与ORF全序列中的使用不同,并非所有密码子的使用与基因表达水平正相关;同义密码子重复序列中密码子重复具有偏好性,部分密码子重复在四联体中有位置偏好.同义密码子重复的最大长度与所编码的氨基酸亲疏水性质、简并度及构成密码子的碱基性质有关.     

人类SSX基因族简介

人类的SSX基因家族包括5个成员:SSXl,SSX2,SSX3,SSX4和SSX5,它们都位于X染色体上.这5个基因有很高的序列同源性:碱基序列有88%-95%同源;所编码188个氨基酸残基构成的蛋白质有77%-91%同源.它们所编码的蛋白质中含有KRAB(Kruppel associated box).SSX蛋白质也是癌/睾丸抗原(CT:Cencer/testis antingns)中的成员.研究SSX基因结构、基因表达等对于肿瘤免疫疗法的建立具有重要意义.     

蛋白质β-发夹模体片断的识别

依据β-发夹氨基酸序列中的保守性特征,分别以氨基酸(20种氨基酸和一个空位)和氨基酸紧邻关联为参数,通过构建位置权重矩阵和选取氨基酸最佳序列模式片断,利用相似性打分函数,对蛋白质超二级结构β-发夹模体片断进行识别,获得了较好的预测效果.     

Ras家族癌基因的统计分析

本文对１９９３年ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ基因库中的Ｒａｓ家族的８９个癌基因序进行了统计分析，计算了编码密码子的使用频率和氨基酸的相对使用丰度；非编码区中内含子的碱基使用及保守位点，并与有关文献作了比较。     

蛋白质超二级结构的分类及LOOP序列的统计分析

本文对6819个相似性小于40%的7个结构类的蛋白质序列进行分析、整理,给出五类超二级结构序列模式α-α、α-β、β-α、β-β hairpin和β-β link共61824个;并根据Loop的长度进一步分类,建立了相应的蛋白质超二级结构数据库,最后对五类超二级结构中loop序列的氨基酸使用进行了统计分析,并与相关工作做了比较.     

蛋白质二级结构序列片段的识别

识别蛋白质二级结构片段,实质上是从序列片段的水平上对二级结构进行预测.用离散量的方法,通过一系列的计算发现:选择氨基酸(20种氨基酸加一个空位)和其紧邻关联共同为参数,从N端截取固定长序列片段为6或7个连续氨基酸残基时,10交叉检验平均预测精度能达到75%~77%,jack-knife检验平均预测精度能达到72%;当固定长序列片段为9或10个连续氨基酸残基时,10交叉检验平均预测精度能达到82%~83%,jack-knife检验平均预测精度能达到74%~76%.     

住房抵押担保证券(CMO)的连续支付结构分析

通过分析抵押贷款组合和A、B、Z三类抵押担保证券 (CMO)的现金流量 ,揭示了住房抵押担保证券 (CMO)的连续支付结构是通过不同时支付A、B、Z三类证券投资者的利益来实现的。这种连续支付结构给各类投资者带来了不同的收益并能够满足不同投资者的偏好 ,与我国当前多层次的投资需求相适应。因此 ,我国住房抵押贷款在实行证券化时可以选择抵押担保证券 (CMO)。这将为我国住房抵押贷款二级市场的建立创造充分的条件。     

基于矩阵打分值和化学位移值预测酶蛋白质中β-发夹模体

酶是一类具有催化功能的蛋白质,对其结构和功能的研究是非常有必要的。特殊模体β-发夹是一种简单的超二级结构,它们包含了丰富的折叠信息,对酶中β-发夹的预测有助于酶结构和功能的预测。本文建立了非冗余的β-发夹模体数据集,包含1080条酶蛋白质链,2818个β-发夹模体,1098个非β-发夹。提取位点亲疏水组分及位点亲疏水紧邻关联组分作为参数,运用矩阵打分算法得到的预测结果不理想。将位点亲疏水、位点亲疏水紧邻关联组分为参数得到的打分值和平均化学位移值共同作为特征参数,输入支持向量机算法对模体进行预测,5交叉检验预测总精度是81.8%,相关系数达到了0.636。     

汉语连动式双音词结构特征分析

通过对汉语高频连动式双音词的研究发现,连动式双音词内两个动词性语素具有不同的论元结构特征。根据论元的数量,连动关系可分为以下类型：包含一个论元的、包含两个论元的、包含三个论元的。其中,包含两个论元的连动关系可细分为3个小类,包含三个论元的连动关系细分为7个小类,而且词语的数量分布与子类型数量分布之间不具有对称性。     

论同位关系

探讨了英语对等句中两个名词短语间的双重同位关系,论证了以下两个观点:1、双重同位关系的产生源于同位基的不同,这种同位关系外在地表现在对等句理解过程中的字面理解和错位理解,而后者正是隐喻存在的基础;2、对等句的理解过程是有序的,严格遵循由默认值定义域中取值(现实世界中的理解)再到另设定义域中取值(可能世界中的理解)这一过程。     

论我国基于能源消费的产业结构调整

从长期来看,产业结构是影响一国能源消费的重要因素,三次产业中第二产业的变化对能源消费的影响最大。从我国情况来看,产业结构因素对能源消费所发挥的作用并非日趋淡化,而是其积极影响尚未明显显现。有必要制定科学合理的产业结构调整方案,在保证经济增长的同时实现节能减排目标：要大力发展第三产业并适当降低第二产业的结构比例,把提高效率作为第一产业发展的重点;注重优化第二产业内部结构,提高能源利用效率。     

论东北老工业基地新型工业化发展模式

老工业基地的振兴是一个综合过程,它的着眼点和关键在于工业。党的十六大报告做了科学而精辟的概括:“坚持以信息化带动工业化,以工业化促进信息化,走出一条科技含量高、经济效益好、资源消耗低、环境污染少、人力资源优势得到充分发挥的新型工业化路子”。但东北老工业基地具有和其他地区不同的特点,东北三省产业结构的现状决定了东北老工业基地的新型工业化道路要以发展大型工业化、规模经济为主,同时,还要走信息化带动工业化、可持续发展、重视发展服务业之路。     

粮食主产区农户粮食生产投入决策行为分析

粮食主产区是我国具有战略意义的农业经济区域。主产区农户从事粮食生产投入的决策行为，实质是在农户自身决策环境下，在对预期收益和风险的综合衡量基础上追求投入回报最大化的过程。一方面，农户在决定生产要素投入方向及结构时，要综合评价粮食产业和其他农业及非农产业的收益和风险；另一方面，由于粮食生产对农户来讲具有满足自身消费保障和获得经济收入的双重作用。因此，农户在进行粮食投入决策时是分类考虑的，对于消费保障功能的粮食生产和经济收益功能的粮食生产，农户分别进行不同的收益和风险评估决策。     

东北新型工业化发展模式论析

老工业基地的振兴是一个综合过程,它的着眼点和关键在于工业.党的十六大报告做了科学而精辟的概括:"坚持以信息化带动工业化,以工业化促进信息化,走出一条科技含量高、经济效益好、资源消耗低、环境污染少、人力资源优势得到充分发挥的新型工业化路子".但东北老工业基地具有和其他地区不同的特点,东北三省产业结构的现状决定了东北老工业基地的新型工业化道路要以发展大型工业化、规模经济为主,同时,还要走信息化带动工业化、可持续发展、重视发展服务业之路.     

保山盆地羊邑组二～三段高分辨率层序地层分析

通过精细划分对比地层、深入分析层序结构、建立层序地层格架,综合分析了保山盆地的露头剖面、钻井岩芯、测井资料,在羊邑组二～三段内识别出了3类不同级次的层序界面。根据划分出的各层序界面将羊邑组二～三段细分为9个中期、31个短期、66个超短期基准面旋回层序。在此基础上,分析了各级次基准面旋回层序的垂向序列、岩性岩相组合、结构类型及叠加样式等特征,重点讨论了向上“变深”的非对称型和对称型2类超短期基准面旋回层序类型。进一步探讨了高分辨率层序地层学在扇三角洲-湖泊沉积体系的地层划分与对比、地层格架构建中的应用。     

"双缺口"经济模型与中国引资模式的转变

"双缺口"经济模型主要解决发展中国家在国内资源短缺的情况下利用国外资源的问题.在对外开放初期,"双缺口"经济模型成为中国利用外资的理论依据.1992年以后,中国引进外资从数量型向集约型转变,引进和利用外资进入了一个新的阶段.虽然现阶段"双缺口"经济模型已不再是引资的理论基础,但它对开放初期中国利用外资的指导作用不能低估.     

控制权类型、银行债权优先结构与权益代理成本——基于金融危机背景的实证分析

基于金融危机背景,分别以2007年308家上市公司和2009年600家上市公司为样本,通过实证分析,探讨银行债权优先结构对权益代理成本的影响,并比较不同控制权类型上市公司的债权优先结构对代理成本影响效果的异同.研究结果显示:(1)银行债务融资有助于降低权益代理成本;(2)质押、抵押债务融资比率与权益代理成本呈显著正相关,尤其在国有控股上市公司;(3)保证债务融资比率与权益代理成本显著负相关,国有控股上市公司保证债务的治理效果更好;(4)金融危机前期和后期的实证研究结论基本一致,这表明本文的研究结论具有稳健性.