蛋白质β-发夹模体片断的识别

依据β-发夹氨基酸序列中的保守性特征,分别以氨基酸(20种氨基酸和一个空位)和氨基酸紧邻关联为参数,通过构建位置权重矩阵和选取氨基酸最佳序列模式片断,利用相似性打分函数,对蛋白质超二级结构β-发夹模体片断进行识别,获得了较好的预测效果.     

蛋白质中四类简单超二级结构的分类

蛋白质超二级结构预测是三级结构预测的一个非常重要的中间步骤。本文从蛋白质的一级序列出发,运用了一种改进的预测算法:以氨基酸组分和紧邻氨基酸分别作为参数,输入离散增量算法的单分类器中,通过加权融合单分类器的计算结果,对四类超二级结构进行了预测,取得了较好的预测结果。四类超二级结构的平均预测总精度达到78.3%,Matthew’s相关系数在0.65以上。     

基于矩阵打分值和化学位移值预测酶蛋白质中β-发夹模体

酶是一类具有催化功能的蛋白质,对其结构和功能的研究是非常有必要的。特殊模体β-发夹是一种简单的超二级结构,它们包含了丰富的折叠信息,对酶中β-发夹的预测有助于酶结构和功能的预测。本文建立了非冗余的β-发夹模体数据集,包含1080条酶蛋白质链,2818个β-发夹模体,1098个非β-发夹。提取位点亲疏水组分及位点亲疏水紧邻关联组分作为参数,运用矩阵打分算法得到的预测结果不理想。将位点亲疏水、位点亲疏水紧邻关联组分为参数得到的打分值和平均化学位移值共同作为特征参数,输入支持向量机算法对模体进行预测,5交叉检验预测总精度是81.8%,相关系数达到了0.636。     

蛋白质结构与密码子上下文关联的信息论研究

从信息学的角度，对人(Homo sapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联、蛋白质序列中氨基酸上下文关联作了统计分析，计算了各二级结构中密码子(氨基酸)上下文关联的信息剩余．结果显示，同义密码子关联有着不同于氨基酸关联偏好的反常现象，人和大肠杆菌蛋白质中反常的密码子分别占19％、16％左右；并对大肠杆菌中的稀有密码子的关联进行了讨论，发现稀有密码子的关联偏好Sheet和Coil二级结构．     

基于序列信息的融合多种特征参数方法预测膜蛋白类型

不同类型的膜蛋白执行不同的功能,因此膜蛋白的分类对蛋白质功能的研究相当重要。根据膜蛋白在磷脂双分子层的分布特点,将膜蛋白序列进行等分处理,以每一部分的氨基酸组分为特征参数,利用离散增量算法对8类膜蛋白分类,得到的预测总精度为75.1%;对膜蛋白序列进行特定的氨基酸片段截取,利用位置矩阵打分算法对8类膜蛋白进行分类预测,以前后20个位点氨基酸组分为特征参数预测总精度分别为75.6%和72.7%。将等分后的离散增量值、氨基酸片段的打分值、稀有模体频数值、氨基酸物理化学特性的自交叉协方差值、二级结构频数值、超二级结构频数值、复杂超二级结构频数值组合作为特征参数,使用支持向量机算法对8类膜蛋白进行分类,获得了非常好的预测结果,独立检验预测总精度达到了93.9%。因此可以看出融合多特征参数的支持向量机算法要好于离散增量算法和位置矩阵打分算法,并且得到的预测结果要好于前人的研究结果。     

密码子前后双碱基关联与蛋白质二级结构的关系

对入(Homo sapiens)117个蛋白质和大肠杆菌(E．coli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子前后双碱基关联作了统计分析，分析发现它们的使用对不同种属蛋白质二级结构有不同的偏好，对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好，经过分析与比较，说明密码子前后双碱基关联也可以作为蛋白质结构预测的一个信息．     

氨基酸亲-疏水性及分子大小使用偏好的统计分析

据GeneBank91资料库,对氨基酸的亲-疏水性及分子大小的使用偏好进行 了统计分析,发现它们与蛋白质的结构及折叠密切相关,同时分析了癌基因的三个 家族,并与普通序列进行了对比.     

人的α螺旋和β折叠片断中亲疏水氨基酸多肽片断

本文选取人的α螺旋和β折叠规则二级结构，计算其中所含亲－疏水性氨基酸的多肽片断，找出多肽片断分布规律，并给出多肽片断在规则二级结构中的位置。     

蛋白质二级结构序列片段的识别

识别蛋白质二级结构片段,实质上是从序列片段的水平上对二级结构进行预测.用离散量的方法,通过一系列的计算发现:选择氨基酸(20种氨基酸加一个空位)和其紧邻关联共同为参数,从N端截取固定长序列片段为6或7个连续氨基酸残基时,10交叉检验平均预测精度能达到75%~77%,jack-knife检验平均预测精度能达到72%;当固定长序列片段为9或10个连续氨基酸残基时,10交叉检验平均预测精度能达到82%~83%,jack-knife检验平均预测精度能达到74%~76%.     

糖类化合物环状结构的α-和β-构型与RS构型的关系

本文讨论了糖类化合物环状结构中α-和β-构型与RS构型的关系,从而通过直接对环状结构中半缩醛碳的RS绝对构型的判断。可以迅速而准确地确定环状糖中端基碳原子的α-和β-差向异构体。     

蛋白质27类折叠子序列的特征分析和预测

通过对27类蛋白质折叠子的统计分析,发现位点氨基酸及氨基酸二肽组分可以在一定程度上反映蛋白质折叠子信息．文中采用整体分类策略．基于离散增量的方法分别以位点氨基酸、氨基酸二肽组分等信息为参数对27类蛋白质折叠子进行了识别研究．为了进一步提高识别的精度,以次邻二肽组分、氨基酸组分、亲疏水和极性氨基酸组分共同作为参数,得到了较好的识别结果．     

顶空气相色谱法测定食品中的蛋白质

本文探讨并优化了顶空气相色谱法测定NH_3 的各项条件,并应用此法来测定食品中的蛋白质含量,测定结果与凯氏定氮法无显著性差异。     

天然纤维蛋白吸水剂的制备及性能研究

本工作以动物用蛋白为原料制备吸水剂，研究了产物的性能，其最佳吸水率为150gH2O/g样，70g（0．9％NaCl）/g样．     

蛋白质规则二级结构中亲-疏水氨基酸的相对使用频率

本文将氨基酸据亲－疏水性按10度简,5度简并进行分类，然后映射于蛋白质规则二级结构中进行计算，用以寻找规则二级结构中亲－疏水氨基酸的使用规律性。     

27类蛋白质折叠子的识别及其位点的统计分析

从蛋白质的氨基酸序列出发,采用全体分类的分类策略识别27类折叠子.当使用5种矩阵打分的方法识别27类折叠子时,预测结果并不理想,进一步使用了以矩阵打分方法得到的分值及氨基酸的二肽组分共同作为参数的离散增量算法,取得了较好预测效果.总的预测成功率达到了45.43%.     

蛋白质规则二级结构中亲疏水氨基酸的次邻关联、次次邻关联

规则二级结构中亲－疏水氨基酸的紧邻关联特性对不同类蛋白质有不同的规律，但在同类蛋白质同类规则二级结构不同长度的片断中有相同的规律，并且亲疏水氨基酸的关联特征是可以定位的，那么次邻关联、次次邻关联是否也有此规律呢？本文对此进行了讨论。     

禽脑脊髓炎病毒内蒙分离株外壳蛋白VP1基因在大肠杆菌中的融合表达及活性分析

为研制禽脑脊髓炎病毒(avian encephalomyelitis virus,AEV)亚单位疫苗,对AEV-NH937内蒙分离株外壳蛋白VP1基因进行融合表达、纯化及活性分析.根据AEV-NH937基因组全序列,设计一对引物.利用RT-PCR技术,扩增AEV的外壳蛋白VP1基因.经序列分析,VP1基因编码区为810bp,编码270个氨基酸残基.将VP1基因插入载体pGEX-4T1构建表达重组质粒,然后转化大肠杆菌BL21.经IPTG诱导后,用聚丙稀酰氨凝胶电泳分析,结果表明,有融合蛋白表达,其分子量为56KD.纯化后,利用ELISA检测分析VP1蛋白,证明VP1蛋白有一定的抗原活性.     

蛋白质测定中消化液澄清后适宜消化时间的探讨

以蚕蛹为供试样品,设置五个处理(0、30、60、90、120min),考察蛋白质测定中消化液澄清后尚应继续消化的适宜时间。消化液澄清时,氮素回收率显著低于继续消化30、60、90和12Omin的氮素回收率(P<0.05),后四者之间氮素回收率差异不显著(P>0.05),且平均相对误差均小于1％,表明为提高测定准确度,消化液澄清后以继续消化30min为宜。