基于小波分析的水稻蛋白OsPCBP的Hurst指数的提取

用DNA walk方式将水稻蛋白OsPCBP的DNA序列映射为相应的数字信号,并利用小波变换提取其Hurst指数.结果分析表明,在OsPCBP的DNA序列中存在长程相关性.     

品牌竞争力的DNA模型解析

通过建立品牌竞争力的DNA模型对品牌竞争力进行了探索。DNA模型以品牌显性竞争能力和隐性竞争能力为双链，形成双螺旋结构，并以品牌市场能力、品牌领导能力、品牌创新能力和品牌文化能力为碱基，形成具有生物活性的DNA结构，从而打造出具有独特性和可遗传性的竞争优势。最后，用DNA模型对海尔的品牌竞争能力进行分析，清晰地呈现了海尔品牌的强势基因，为企业提升品牌竞争力提供了一种分析方法。     

从12SrRNA部分基因序列探讨鳄的系统发生关系

本文用常规方法测定了雅卡凯门鳄（caiman yacane）、新几内亚鳄（crocodylus novaeguineae）等2种鳄类的约400bp的mtDNA12SrRNA基因片段的部分序列，所测序列与GenBank中的其他18种鳄类的12SrRNA基因相应片段同源序列一起经Clustal X1．8软件进行比对，并以乌龟（chinemys reevesii）为外群，用ClustalX（1．8），Mega2软件以及paup软件将这20种鳄的12SrRNA基因部分序列进行比对后构建了20种鳄的进化关系树，并分别用NJ树，MP树探讨它们之间的系统发生关系。其结果显示：食鱼鳄属Gavialis与马来假食鱼鳄属Tomistoma的亲缘关系较近，构成姐妹群并位于鳄科分支的基部。非洲窄吻鳄（Crocodylus cataphractus）与骨喉鳄（Osteolaemus retraspis）形成姐妹群，它们的亲缘关系比与其它真鳄类的关系更近，赞同非洲窄吻鳄应从鳄属中独土出来归属于长吻鳄属Mecistops的观点，因此鳄科包括鳄属、骨喉鳄属和长吻鳄属，它们的关系为（鳄属（骨喉鳄属，长吻鳄属））。鼍科4属中凯门鳄属与黑鳄属关系最近，接下来的是古鳄属、鼍属，而且鼍属是鼍科中起源最早的类群。扬予鳄（Alligator sinensis）与密河鳄（Alligator mississippiensis）较近的亲缘关系得到支持，但它们并没有形成姐妹群关系。     

An online copy number variant detection method for short sequencing reads

The availability of the next generation sequencing (NGS) technology in today's biomedical research has provided new opportunities in scientific discovery of genetic information. The high-throughput NGS technology, especially DNA-seq, is particularly useful in profiling a genome for the analysis of DNA copy number variants (CNVs). The read count (RC) data resulting from NGS technology are massive and information rich. How to exploit the RC data for accurate CNV detection has become a computational and statistical challenge. We provide a statistical online change point method to help detect CNVs in the sequencing RC data in this paper. This method uses the idea of online searching for change point (or breakpoint) with a Markov chain assumption on the breakpoints loci and an iterative computing process via a Bayesian framework. We illustrate that an online change-point detection method is particularly suitable for identifying CNVs in the RC data. The algorithm is applied to the publicly available NCI-H2347 lung cancer cell line sequencing reads data for locating the breakpoints. Extensive simulation studies have been carried out and results show the good behavior of the proposed algorithm. The algorithm is implemented in R and the codes are available upon request.     

Extended pairwise local alignment of wild card DNA/RNA sequences using dynamic programming

Optimal string alignment is used to discover evolutionary relationships or mutations in DNA/RNA or protein sequences. Errors, missing parts or uncertainty in such a sequence can be covered with wild cards, so-called wild bases. This makes an alignment possible even when the data are corrupted or incomplete. The extended pairwise local alignment of wild card DNA/RNA sequences requires additional calculations in the dynamic programming algorithm and necessitates a subsequent best- and worst-case analysis for the wild card positions. In this paper, we propose an algorithm which solves the problem of input data wild cards, offers a highly flexible set of parameters and displays a detailed alignment output and a compact representation of the mutated positions of the alignment. An implementation of the algorithm can be obtained at https://github.com/sysbio-bioinf/swat+ and http://sysbio.uni-ulm.de/?Software:Swat+.     

基因序列专利正当性：美国论争与启示

美国专利政策及相关判例在＂亲专利＂与＂反专利＂之间摇摆不定,导致专利正当性论争不断,尤以基因领域专利正当性论争为盛。论争双方各执一词、分庭抗礼,两极立场无不从法律层面、专利政策以及群体利益等角度予以证立和驳斥。论争虽仁者见仁、智者见智,但不可避免地造成基因领域专利适格主题、专利效力等问题困惑不堪。如此情境下,唯有梳理主线,解决实际问题才更为明智。     

命运的螺旋带来的启示——从DNA双螺旋结构发现看科学方法论

DNA双螺旋结构模型的建立,是生命科学史上的奇迹和里程碑,具有划时代的意义。它不仅揭开了基因遗传之谜,也是近代生物工程勃勃兴起的重要基石。文章从多个方面探讨这一伟大发现给我们带来的启示:正确的科研选题,密切的科技合作,恰当的科学方法,合理的创造性思维等等,这些都是发现DNA结构的关键。     

DNA芯片技术

DNA芯片可用于核酸序列的测定及基因突变检测等,这里对DNA芯片的制作、作用原理、性能及用途等进行了综述。     

DNA甲基化检测方法的研究进展

DNA甲基化是一种重要的遗传外修饰,是表观遗传学(epigenetics)的重要组成部分[l]。它参与了动物胚胎发育、基因印迹和X染色体失活等过程,在基因表达的调控中具有重要作用,异常甲基化可以导致肿瘤的形成。近20年来,DNA甲基化的研究逐渐成为新的研究热点。随着对甲基化研究的不断深人,各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。本文对目前现有常用的CpG岛甲基化检测方法作一综述,并着重介绍几项以芯片技术为基础的高通量研究DNA甲基化的方法。     

如何发现DNA是生命的遗传物质

从核酸的发现到DNA双螺旋结构模型建立历时80余年,人类最终确认了DNA是生命的遗传物质,解决了一个生命科学研究中极其关键的重大问题。因此,对此段历史的研究具有重要意义。全面回顾此间发生的对揭示DNA的结构和功能具有重要影响的事件,包括米歇尔发现核酸、列文提出＂四核苷酸假说＂、格里菲斯等人的转化实验、査伽夫提出碱基配对规律,以及沃森和克里克建立DNA双螺旋结构模型,在此基础上阐述人类发现DNA是遗传物质的研究历程,进而探讨科学研究的规律。