构建我国基因专利池的设想

专利池是专利的"强强联合",是技术垄断者的再次集中。在发达国家纷纷发展基因专利技术,并试图对我国进行技术包围之际,我们应该未雨绸缪,思考本国基因专利池的构建。本文从基因技术的发展现状和专利制度本身出发,分析了专利池的优点和专利池的组建经验。同时对我国的基因产业实力进行合理的评估,提出了建立我国基因专利池的4种可能,论述了应该如何构建基因专利池以及基因专利池的反垄断规制。以期加速生物时代我国基因专利池的构建,并促进我国基因技术的研究和应用,推动基因产业的发展。     

烟草硫氧还蛋白基因NtTRX-hl的克隆和功能分析

从烟草中克隆了硫氧还蛋白基因NtTRX-hl并推导出其氨基酸序列,系统进化关系分析表明,NtTRX-hl与小麦、大麦、拟南芥等多种植物的TRX蛋白有很高的同源性.构建高效表达载体,诱导表达重组菌得到分子大小为22.26 kD的融合蛋白,与推测的分子量一致.用胰岛素和二硫苏糖醇作底物进行酶活性测定表明,Nt-TRX-hl具有活性.采用生物信息学的方法和工具分析了NtTRX-hl蛋白的生化参数和亚细胞定位,预测了该蛋白的高级结构.     

浆细胞膜糖蛋白基因K121Q变异与老年人2型糖尿病的关联研究

目的探讨浆细胞膜糖蛋白基因(PC-1)4号外显子K121Q变异与老年人2型糖尿病的相关性。方法自2006年北京市社区2型糖尿病调查资料中选出有糖尿病家族史,且相互间无亲缘关系的老年2型糖尿病患者228例,同时选择非糖尿病健康老年对照人群308例。所有受试者均签署知情同意书,所有受试者均为汉族。应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,检测PC-1基因K121Q的多态性分布情况。结果老年2型糖尿病患者中KK基因型177例(77.6%),KQ基因型46例(20.2%),QQ基因型5例(2.2%),K、Q等位基因频率分别是87.7%和12.3%;正常老年对照组中KK基因型239例(77.6%),KQ基因型63例(20.5%),QQ基因型6例(1.9%),K、Q等位基因频率分别是87.8%和12.2%;PC-1基因K121Q变异的基因型频率和等位基因频率在两组中的分布差异无显著性(P>0.05);PC-1基因K121Q变异的基因型频率和等位基因频率在男性和女性中的分布差异也无显著性(P>0.05);PC-1基因K121Q变异的KK基因型组与KQ QQ基因型组中的肥胖指标的特征差异也无显著性(P>0.05)。结论PC-1基因K121Q变异可能与老年人2型糖尿病的易感性无关联。     

链霉菌查尔酮合成酶基因克隆及原核表达载体构建

根据Genbank数据库已知的链霉菌的查尔酮合成酶基因的保守区设计chs基因特异简并引物,土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到该l条chs基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明:该基因为放线菌来源chs基因.分别在该基因5’末端和3’末端分别引入的限制酶NcoI和EcoR I酶切位点,利用上述2种限制酶分别酶切导入到psimple-T/chs载体和原核表达pET32a,凝胶回收目的片段后,将二者连接并转化大肠杆菌感受态细胞,转化子经菌液PCR筛选、双酶切鉴定后,3730测序结果表明,该基因全长编码区为1089 bp,推测该基因编码全长为362个氨基酸残基,等电点(PI)为5.41、分子量为3 965道尔顿含有CHS保守功能区的酸性蛋白质.分析表明,该基因与Streptomyces lividans来源的查尔酮合成酶RppA基因核苷酸相似性高达93％,氨基酸序列相似性高达87.70％.测序结果表明,该基因已经成功插入到pET32a载体中.     

论基因权

随着基因技术的飞速发展,基因权将成为人类21世纪的一项新型权利,这项权利包括两大方面的内容,即关于基因资源权和基因技术知识产权。关于基因资源权的保护,应该针对我国的国情,通过修改宪法有关资源所有权的条款、确立新的资源所有权机制、制定专门的基因资源保护法等来实现。关于基因技术知识产权的保护,应采取综合保护战略,实现全方面的保护,特别是对农民群体的有关权利的保护。此外还有基因隐私权的保护,基因产品消费、使用过程中的安全权的保护问题。     

基因发现成果可专利性法律分析

生物技术的蓬勃发展给专利法律制度提出了诸多挑战,专利制度及其理论应针对现实情况作出适时的调整和完善。从社会公众利益及产业发展角度而言,不应当授予基因序列的发现成果以专利权;从产业技术诉求及实用性角度考量,应当授予功能基因的揭示以专利权。我国知识产权立法应针对生物技术的现实发展作出相应的调整。     

关于基因编辑的伦理反思

基因编辑是一项新兴的复杂的前沿科学技术,它如果得到安全、合理的利用,无疑具有重要的积极效应;但关键是它目前并不成熟,在缺乏严格的科学评估、安全性存在不可预知风险的情况下,贸然使用可能导致人类基因谱系发生改变等问题,甚至带来难以预料的灾难性后果。即使今后基因编辑技术成熟了,如何合理地运用它,而不偏离正确的轨道,也需要更审慎地进行伦理反思,努力形成基本的伦理共识。为了促进基因编辑技术的健康发展,令其更好地兴利除弊,为人类造福,基因编辑技术的研究、应用必须遵循人本原则、公正原则、公开透明原则、知情同意原则、责任原则等基本的伦理原则。     

An intuitive risk factors search algorithm: usage of the Bayesian network technique in personalized medicine

The article focuses on the application of the Bayesian networks (BN) technique to problems of personalized medicine. The simple (intuitive) algorithm of BN optimization with respect to the number of nodes using naive network topology is developed. This algorithm allows to increase the BN prediction quality and to identify the most important variables of the network. The parallel program implementing the algorithm has demonstrated good scalability with an increase in the computational cores number, and it can be applied to the large patients database containing thousands of variables. This program is applied for the prediction for the unfavorable outcome of coronary artery disease (CAD) for patients who survived the acute coronary syndrome (ACS). As a result, the quality of the predictions of the investigated networks was significantly improved and the most important risk factors were detected. The significance of the tumor necrosis factor-alpha gene polymorphism for the prediction of the unfavorable outcome of CAD for patients survived after ACS was revealed for the first time.     

Temporal prediction of future state occupation in a multistate model from high-dimensional baseline covariates via pseudo-value regression

In many complex diseases such as cancer, a patient undergoes various disease stages before reaching a terminal state (say disease free or death). This fits a multistate model framework where a prognosis may be equivalent to predicting the state occupation at a future time t. With the advent of high-throughput genomic and proteomic assays, a clinician may intent to use such high-dimensional covariates in making better prediction of state occupation. In this article, we offer a practical solution to this problem by combining a useful technique, called pseudo-value (PV) regression, with a latent factor or a penalized regression method such as the partial least squares (PLS) or the least absolute shrinkage and selection operator (LASSO), or their variants. We explore the predictive performances of these combinations in various high-dimensional settings via extensive simulation studies. Overall, this strategy works fairly well provided the models are tuned properly. Overall, the PLS turns out to be slightly better than LASSO in most settings investigated by us, for the purpose of temporal prediction of future state occupation. We illustrate the utility of these PV-based high-dimensional regression methods using a lung cancer data set where we use the patients’ baseline gene expression values.     

怀疑和批判精神:推动科学进步的关键因素——诺贝尔奖颁奖100周年有感

哲学是科学诞生和发展的基质,是文化的核心;"文化基因"则决定了科学的所有本质特征.因此,科学与哲学和文化是三位一体的.西方科学之所以能够持续地向前发展,与西方文化中的怀疑和批判传统、理性主义传统等是密不可分的.因此,我们要想在科学上赶超西方世界,就必须有意识有目的地加强西方文化,尤其是西方哲学的学习和熏陶,就必须首先具有对科学的怀疑和批判精神.