An Approximation Algorithm for Alignment of Multiple Sequences using Motif Discovery

Given a set of N sequence, the Multiple Sequence Alignment problem is to align these N sequences, possibly with gaps, that brings out the best commonality of the N sequences. The quality of the alignment is usually measured by penalizing the mis-matches and gaps, and rewarding the matches with appropriate weight functions. However for larger values of N, additional constraints are required to give meaningful alignments. We identify a user-controlled parameter, an alignment number K (2 K N): this additional requirement constrains the alignment to have at least K sequences agree on a character, whenever possible, in the alignment. We identify a natural optimization problem for this approach called the K-MSA problem. We show that the problem is MAX SNP hard. We give a natural extension of this problem that incorporates biological relevance by using motifs (common patterns in the sequences) and give an approximation algorithm for this problem in terms of the motifs in the data. MUSCA is an implementation of this approach and our experimental results indicate that this approach is efficient, particularly on large numbers of long sequences, and gives good alignments when tested on biological data such as DNA and protein sequences.     

川南"都掌蛮"岩画研究

四川珙县麻塘坝的岩画及悬棺葬 ,是汉魏唐宋僚人 (僰人 )、元明时期都掌人在同地域同时代的遗存。川南都掌蛮继承了古代僚人的主要习俗 ,岩画在头饰椎髻、使用铜鼓、巫术活动、猎头祭祀等方面 ,呈现出与悬棺葬俗相同的文化特质 ,揭示了岩画与悬棺葬之间的密切关系。岩画以丰富的文化内涵 ,折射出都掌蛮及其先民在生存发展、经济生活、文化传统、宗教习俗诸方面的活动痕迹 ,岩画是都掌蛮刻画在峭壁上的史诗     

中国岩画中的原始宗教文化考释

岩画作为流传至今的人类最早最辉煌的艺术遗产,也是远古人类活动的真实记录.在我国岩画中,有很多有关原始宗教的题材,主要表现了自然崇拜、图腾崇拜、祖先崇拜、生殖崇拜等方面的内容.中国岩画中所反映的原始宗教已大致具备某些人为宗教的特质和要素,既高于一般意义的原始宗教又不能纳入到人为宗教的范畴,是介于原始宗教和人为宗教之间的一种过渡形态,属于变异原始宗教类型,在一定程度上具有地域民族宗教的特色和意义.     

高职教育技能硬实力探析

高职教育技能硬实力和文化软实力共同构成了高职教育的综合实力。技能硬实力是高职教育的有形物质力,是"物质生产力"。技能硬实力体系主要包括:基本技能力、专业技能力、综合技能力和创新技能力。高职教育技能硬实力的发展策略主要包括:师资队伍是关键、专业建设是核心、硬件建设是基础、实训建设是保障。     

Connecting through chaos: escape behaviour among sex-working adolescents in Aotearoa New Zealand

Underage sex work (USW) has been shown to adversely affect adolescents’ physical and psychological wellbeing; however, little is known about the lives of sex-working adolescents or their needs for services. This study involved semi-structured interviews with eight adolescents who began sex work between the ages of 12 and 16. It was found that caregivers’ characteristics, attachment disruption and early trauma intersected with participants’ wider social environments, specifically with their peer relationships and limited access to services, to create a culture of chaos and avoidant coping. These combined factors constitute significant barriers to service access, and require considered navigation of relational and environmental barriers as well as appropriate management of psychological distress and trauma symptoms to enable effective engagement with services.     

以人为本 构建和谐图书馆

加强和谐图书馆的建设是构建和谐社会的一个重要组成部分,是顺应时代发展和传承人类文化的需求。＂以人为本＂是构建和谐图书馆的重要指导思想,构建和谐的图书馆重点包括建立和谐的硬环境与软环境两大方面：和谐的硬环境是指为读者创建一个充满人文关怀的物理环境,包括馆舍的建筑及内部设施等;和谐的软环境是指良好、温馨的人文环境,包括图书馆领导之间、领导与员工之间,员工与员工之间以及员工与读者之间的人际关系等,二者缺一不可。     

抗日歌曲中的记忆

发生于1937年至1945年间的抗日战争对所有中国人来说是一场无法忘记的民族战争。在抵抗侵略过程中,中国人民所表现出来的伟大的民族主义精神是人类历史上的宝贵财富,为后代树立了楷模。在战争期间作为一种对抗日活动的支持,民族音乐家创作了大批的抗日歌曲,以音乐的形式反映人们反帝反封建的革命意识,表现出鲜明的政治倾向和军事化特点。这些歌曲不仅以艺术的形式记录了伟大的革命事业,帮助人们记住革命的历史与传统,而且为日后的音乐创作和音乐生活提供了深刻的经验。     

泛心论的演进理路探析

泛心论起源于原始思维的泛灵论思想，有着深厚的哲学理论基础，为解决意识难题的查尔默斯直接把意识规定为世界的基本特征，迈进了泛心论的领地。此时的泛心论在形式上有别于早期的泛心论，其地位也必须公允的看待。但泛心论的论证方法、理路逻辑所包摄的实质与硬核没变，与自然科学的驱魅，走出神秘主义，真正迈向科学殿堂是背道而驰的。     

任楼煤矿地应力测量与分析

本文介绍了空心包体应力解除法的基本原理和方法,并利用其对任楼煤矿地应力进行了测量。实测结果表明,任楼煤矿地应力以水平应力为主导,且水平应力大于铅直应力,并随深度的增加而增大。每个测点的应力状态与其所处的构造部位、岩体结构、岩性分布等有关。这些分布特征对矿井深部的巷道支护及矿井灾害的防治有着重要的指导意义。     

高应力状态下均质岩基极限承载力的滑移线解

岩体所处应力状态不同 ,其强度特性则有异。参考Serrano的研究成果 ,以水平承载面均质岩基为例 ,在介绍岩体性质转变时Hoek -Brown强度包线形状、转变点应力、滑移线应力特征的基础上 ,阐述了高应力状态下水平均质岩基极限承载力的求解方法。最后 ,以简单算例说明文中方法